Фамилия Цынта — редкий случай в русском ономастиконе, где форма не даёт однозначного ответа о происхождении. Сразу бросается в глаза окончание -а, которое не характерно для исконно русских фамилий в именительном падеже (у нас они обычно оканчиваются на -ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме родительного падежа от прозвища или имени, либо пришедшая из другого языка.

Самая правдоподобная версия связывает Цынта с румынским или молдавским словом «ţânţă» (произносится как «цынцэ») — «комар», «москит». В этом случае фамилия образована от прозвища Цынцэ, которое могли дать человеку назойливому, маленькому или просто за характер. Окончание -а в русской записи — результат адаптации: молдавское Цынцэ превратилось в Цынта по аналогии с другими фамилиями (ср. Дя́кон — Дья́конов, но здесь — прямая передача). Такое происхождение объясняет и географию: фамилия встречается в основном в Бессарабии, на юго-западе Украины (Одесская область) и в Молдове — регионах, где веками жили носители румынского языка, а фамилии часто фиксировались в русских документах «на слух».

Менее вероятна, но возможна связь с литовским или латышским корнем, где «cints» (лит.) или «cīnts» (латыш.) означает «борьба», «сражение». Тогда Цынта — это прозвище борца, задиры. Однако для балтийских фамилий типичнее окончания -ас, -ис, -ус, а форма на -а встречается реже и чаще как русификация.

Суффиксальная модель здесь отсутствует — фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Это говорит о том, что она не образовывалась от отчества или имени отца по русскому обычаю, а была перенесена как готовая основа. В документах XIX — начала XX века её могли записывать по-разному: Цынца, Цынце, Цынцэ. Вариант Цынта закрепился, вероятно, из-за того, что русские писаря передавали мягкое «ц» твёрдым «т» на конце.

Таким образом, предки носителя фамилии Цынта с высокой долей вероятности жили на территории современной Молдовы или украинского Причерноморья, говорили на румынском (молдавском) языке, а их прозвище было связано либо с комаром, либо с бойцом. Сословно это могли быть крестьяне или мещане — фамилия не имеет аристократического звучания и не встречается в дворянских родословных книгах.