Фамилия Цыпахин — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Цыпахин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Цыпаха. Само прозвище звучит нестандартно: в нём нет типичного для русских фамилий окончания на -а/-я, а есть редкий суффикс -ах-, который в ономастике встречается у прозвищ, образованных от глаголов или звукоподражаний. Сравните с фамилиями Брехалов, Писахин — здесь тот же словообразовательный тип.

Наиболее вероятная основа — глагол цыпать (или цыпнуть). В русских говорах, особенно южных и рязанских, «цыпать» означает «щипать», «хватать», «дёргать». Человек мог получить прозвище Цыпаха за привычку нервно теребить одежду, за резкие движения или за то, что он «цыпал» — то есть брал без спроса, прихватывал чужое. Вторая версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с птицей: «цыпа» — это цыплёнок, но суффикс -ах- для названий птенцов нетипичен. Скорее всего, Цыпаха — это человек, который разводил кур или был похож на цыплёнка (суетливый, маленький), но тогда фамилия звучала бы как Цыпкин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России — встречается в архивах Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерний. В писцовых книгах XVII века упоминаний не найдено, что говорит о её более позднем происхождении — скорее всего, XVIII–XIX век, когда крестьянам массово присваивали фамилии по уличным прозвищам.

В написании фамилии возможна путаница: из-за аканья в устной речи она могла звучать как «Цыпохин», но в документах закрепился вариант с «а» — Цыпахин. Это типичная ситуация для фамилий, записанных со слов малограмотных писарей. Если искать однокоренные фамилии, то самая близкая — Цыпкин, но у неё другая модель образования (суффикс -к- указывает на уменьшительное прозвище). Цыпахин стоит особняком: это прозвище не ласкательное, а скорее описательное, по действию или характеру.