Фамилия Цыпахина — женская форма фамилии Цыпахин. Её основа, скорее всего, связана с прозвищем или нецерковным именем Цыпаха. В русских говорах слово «цыпа» — это ласковое обращение к курице или цыплёнку, а также к ребёнку. Суффикс -ах- в прозвище Цыпаха мог выполнять увеличительную или просторечную роль: Цыпаха — это «тот, кто похож на цыплёнка» (например, суетливый, маленький, пушистый) или, наоборот, «крупный цыплёнок» (с иронией). Словообразовательная модель простая: Цыпах-ин — «чей?» — «сын Цыпахи», то есть потомок человека с таким прозвищем.

География фамилии узкая. Судя по открытым данным, Цыпахины встречаются преимущественно в Воронежской области и в некоторых районах Центрального Черноземья. Это типичная «кустовая» фамилия, распространённая в пределах нескольких сёл, а не по всей стране. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин указывает на более древнюю модель образования от существительных женского рода, что косвенно говорит о бытовом, недворянском происхождении.

Споров вокруг корня почти нет. Альтернативная версия — связь с диалектным словом «цыпать» (цеплять, задевать) или «цыпаться» (ссориться, придираться). В этом случае Цыпаха — прозвище задиристого или придирчивого человека. Оба варианта правдоподобны, но «птичья» версия встречается чаще: прозвища по внешнему сходству с домашней птицей (Петухов, Гусев, Цыплёнков) характерны для русского ономастикона.

Интересная деталь: фамилия Цыпахин почти не встречается в старых боярских списках и ревизских сказках центральных губерний, но фиксируется в метрических книгах конца XIX века по Воронежской губернии. Это говорит о том, что её носители — скорее всего, однодворцы или государственные крестьяне. Фамилия не стала «дворянской» и не попала в гербовники, поэтому её история — это история конкретной крестьянской семьи, а не аристократического рода.