Фамилия Цытулина — редкий случай в русской ономастике, где сложно с ходу определить корень. На слух она напоминает фамилии с тюркским или кавказским следом, но при ближайшем рассмотрении оказывается, что её основа, скорее всего, чисто русская, диалектная.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Цытуля. В русских говорах, особенно на юге и западе, «цытуля» или «цытулька» — это, по одним данным, маленькая, щуплая, невзрачная вещь или человек. По другим — ласковое, уменьшительное обращение к кому-то, вроде «цыпочка» или «цыплёнок». В любом случае, прозвище носило либо уничижительный, либо, наоборот, ласкательный оттенок, что типично для деревенских имён.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Цытулина — «жена или дочь Цытули». Модель образования простая и архаичная, характерная для крестьянских фамилий центральной России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имён, фамилии на -ин чаще цеплялись за прозвища, кончая на -а или -я.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «цытуль» — так в некоторых областях называли цитварное семя (полынь), которое использовали как глистогонное. В этом случае прозвище мог получить знахарь или аптекарь-самоучка. Однако эта гипотеза слабее, так как слово узкоспециальное и вряд ли стало бы бытовым прозвищем.

В написании фамилии встречается путаница: некоторые носители пишутся через «ы» (Цытулин), другие — через «и» (Цитулин). Это чисто орфографическая вариация, корень от этого не меняется. Фамилия редкая, в списках дворянских родов не значится — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами из южнорусских или украинских губерний, где «цоканье» и мягкое произношение были нормой.