Фамилия Тубердин — редкий пример, где за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская основа. Если снять окончание, остаётся корень «Туберд-», который не имеет прямых аналогов в славянских языках. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, переработанная русской моделью на -ин. Такие фамилии часто возникали у крещёных татар, башкир или других народов Поволжья, когда их именования адаптировали под русскую грамматику: «чей?» — Тубердин, то есть сын или потомок человека по имени Туберд.

Самая вероятная версия — основа от тюркского личного имени Туберды (или Тюберды). В нём выделяется компонент «берды» — «дал» (от глагола «бир» — давать). Первая часть «тю-» или «ту-» может восходить к слову «тюш» — сон, либо к «ту» — знамя, стяг. Получается «во сне данный» или «знаменем данный» — типичная для тюркской ономастики формула имени, данного по обету или примете. Такие имена были распространены в Казанском ханстве и среди башкир, а позже вошли в русские метрические книги как фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на -а/-я. Если бы исходное имя звучало как Туберд (с твёрдым согласным на конце), фамилия стала бы Тубердов. Но раз мы видим -ин, исходная форма, вероятно, была Туберда или Тубердя — в тюркских языках это не редкость, когда имя оканчивается на гласный звук.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: возможны корни в бывшей Казанской губернии, Оренбуржье, а также среди башкирских родов. В дореволюционных списках Тубердины могли числиться как государственные крестьяне или однодворцы — то есть не крепостные, а лично свободные землепашцы, часто из обрусевших инородцев.

Встречается и альтернативная, менее убедительная версия — от русского диалектного слова «туберда» (нечто пухлое, раздутое, возможно, прозвище полного человека). Но она слаба: слово не зафиксировано в авторитетных словарях народных говоров как распространённое, а тюркское объяснение даёт прямую параллель с реально существовавшими антропонимами. Поэтому потомку Тубердиных стоит искать свои корни не в центральной России, а на востоке, в местах, где веками жили рядом русские и тюрки.