Фамилия Тубеев образована по редкой для русских фамилий модели — от основы на -ей с помощью суффикса -ев. Обычно такие фамилии фиксируются у тюркских народов, где аффикс -ев присоединяется к именам и прозвищам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. В русской ономастике эта модель встречается реже, чем, скажем, стандартные -ов или -ин, и часто указывает на позднее оформление фамилии или на иноязычное происхождение носителя.

Основа фамилии — Тубе(й). Скорее всего, это тюркское прозвище или имя. В ряде тюркских языков «тубе» означает «дно», «глубина» или «основание» (ср. татарское төп — «дно», «корень»). Прозвище могли дать человеку приземистому, коренастому, либо тому, кто жил в низине. Менее вероятна, но возможна связь с арабским «туба» — блаженство, райское дерево (через исламские имена). В таком случае Тубеев — потомок человека по имени Туба или Тубей.

Географически фамилия привязана к Поволжью и Уралу. Встречается у татар, башкир и чувашей. В русских переписных книгах XVI–XVII веков фамилия не зафиксирована — это косвенно подтверждает её позднее (не ранее XVIII века) оформление у крещёных или обрусевших тюркских народов. Сословно предки Тубеевых могли быть государственными крестьянами, ясачными людьми или мещанами.

Для сравнения: однокоренные фамилии Тубаев, Тубин, Тубяков встречаются у татар и марийцев, но Тубеев стоит особняком из-за суффиксальной формы. В словаре Веселовского или Унбегауна эта фамилия не описана — она остаётся локальной и малочисленной, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни в восточных регионах России.