Фамилия Тубеков — один из примеров, когда при внешней простоте корня исследователь сталкивается с неочевидной географией и возможным тюркским следом. Основа фамилии — «Тубек», а суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования: так называемое «отчество» от прозвища или имени.

Самый прямой путь к смыслу лежит через тюркские языки. В казахском, башкирском, татарском слово «түбек» или «төбек» означает «холмик», «бугорок», «возвышенность». Прозвище Тубек могли дать человеку невысокого роста, коренастому, либо тому, кто жил на холме или владел таким участком. В некоторых диалектах «төбәк» — это ещё и «округ», «местность», что могло указывать на происхождение человека из определённой области.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Тубек. Встречаются упоминания, что в некоторых тюркских родах Тубек — это вариант имени, образованного от слова со значением «крепкий», «устойчивый». Однако в словарях собственных имён такой вариант фиксируется редко, и прозвищная версия выглядит убедительнее.

География фамилии показательна. Тубековы — нечастая фамилия, но её очаги заметны в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это совпадает с зоной расселения башкир и татар, где фамилии на «-ов» от тюркских основ — обычное явление. Встречается фамилия и у казахов, но там чаще сохраняется форма Тубеков или Тубек без суффикса.

Таким образом, предки носителя фамилии Тубеков, скорее всего, были тюркоязычными крестьянами или казаками южноуральских и приуральских степей. Прозвище Тубек могло закрепиться за родоначальником из-за особенности рельефа местности, где он жил, или из-за его приземистой фигуры. Никаких указаний на дворянское происхождение или принадлежность к высшим сословиям нет — это фамилия, рождённая в народной среде.