Фамилия Тубекова — женская форма фамилии Тубеков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев — самая распространённая в русских фамилиях, она указывает на принадлежность: Тубеков буквально значит «сын Тубека» или «из рода Тубека». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Тубек. В русских говорах слово «тубек» или «тубик» могло означать нечто маленькое, короткое, либо человека с такой внешностью — низкорослого или плотного. В некоторых диалектах «тубеком» называли увальня или нерасторопного человека, но это значение было локальным и не повсеместным.

Гораздо интереснее другая версия, которая уводит фамилию на Кавказ. Фамилия Тубеков (и Тубекова) встречается у осетин, особенно в Дигорском ущелье. Осетинское «тубек» или «тобек» — это заимствование из тюркских языков, где «тюбек» означает «ружьё» или «ствол». В осетинской среде прозвище Тубек могли дать охотнику, воину или оружейнику. Если предки носителя фамилии — выходцы с Северного Кавказа, то фамилия не славянская по корню, а осетинская, русифицированная добавлением -ов.

Спор между этими версиями решается просто: если фамилия встречается в центральной России или Поволжье, скорее всего, перед нами русское прозвище от диалектного слова. Если же корни ведут на Кавказ или в казачьи области, где было сильное осетинское влияние, — версия с «ружьём» правдоподобнее. В любом случае, носитель фамилии Тубекова может с равной вероятностью происходить от низкорослого крестьянина или от кавказского стрелка — обе истории имеют под собой реальную языковую почву.