Фамилия Тубеньков — одна из тех, где корень неочевиден, а суффикс подсказывает, как её понимать. Основа здесь — Тубень или Тубенко, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Тубеня» или «из семьи Тубенка». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, особенно для украинского и южнорусского ареала, где форма на -енко легко обрастала русским окончанием -ов при адаптации в официальных документах.

Что могло лежать в основе прозвища Тубень? Первая и самая прямая версия — от слова «тубa» или «тубка», которое в южных говорах означало трубу, дымоход, а иногда и невысокого, полного человека (сравните с «тубус» — нечто цилиндрическое). Тогда Тубень — человек с характерной фигурой или, возможно, печник, мастер по трубам. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «тубить» — гнуть, мять, что давало бы прозвище упрямому или неуступчивому человеку.

Вторая версия отталкивается от географического имени. В Беларуси и на Смоленщине есть река Тубень (приток Сожа) и деревни с похожими названиями. Переселенец оттуда мог получить фамилию по месту прежнего жительства: «тубеньский» → Тубеньков. Этот вариант объясняет и редкость фамилии — она привязана к конкретному микрорегиону.

Спорным остаётся вопрос о личном имени. В святцах нет имени Тубень, и вряд ли это сокращение от христианского — скорее всего, перед нами чисто прозвищная или топонимическая фамилия. В словаре Веселовского «Ономастикон» похожих форм не встречается, что подтверждает её локальный характер.

Носители фамилии Тубеньков сегодня встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, что согласуется с миграцией крестьян из западных губерний в XIX веке. Сословно это, скорее всего, бывшие государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане. Дворянских корней у фамилии нет.