Фамилия Тудупов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основной ареал фамилии — Бурятия и Забайкалье, что сразу указывает на монгольские или бурятские корни. В бурятском языке слово «тудуп» или «тудэп» может восходить к личному имени, в основе которого лежит тюрко-монгольское «туд» — «собирать, копить» или же «тудэ» — «пыль, прах» (в переносном смысле — «недолговечный, бренный»). Впрочем, вторая версия маловероятна для прозвища: вряд ли предка называли «прахом».

Гораздо правдоподобнее, что исходное имя Тудуп — это вариант имени Тудуб, которое встречается у бурят и калмыков. Оно восходит к тибетскому «тхуб» — «могущественный, сильный, обладающий сверхъестественной силой». Такие имена давали в ламаистской традиции, часто в честь буддийских святых или как пожелание ребёнку силы духа. Суффикс -ов в фамилии Тудупов — стандартный русский патронимический формант, который добавили при русификации бурятских фамилий в XIX–XX веках. То есть Тудупов буквально означает «сын Тудупа».

Сравнение с соседними фамилиями подтверждает эту модель: Тудупов стоит в одном ряду с Тудунхановым, Тудыповым, Тудэповым — все они образованы от личных имён с корнем «туд-» и оформлены русским суффиксом. Социально предки носителя фамилии — скорее всего, бурятские скотоводы или охотники, получившие фамилию при переписях и закреплении родовых прозвищ. Никаких дворянских корней или связи с тюркским «тудуп» в значении «одеяло» (такая версия изредка встречается в любительских словарях) нет — это ложная этимология, возникшая из-за случайного звукового совпадения.