Фамилия Тукунов — редкий случай, когда географический и языковой след почти не оставляет сомнений в происхождении. Её основа, скорее всего, тюркская, а точнее — башкирская или татарская. В основе лежит имя Тукун, которое в тюркских языках может означать «родной», «кровный», «единокровный» (от слова «туган» или его диалектных вариантов). В башкирском языке, например, «туған» — это и «родственник», и «родимый». Имя Тукун давали, вероятно, как пожелание крепких родственных связей или как прозвище человеку, который заботился о роде.

Суффикс -ов в фамилии Тукунов указывает на её позднее оформление по русской модели. Это типично для XVIII–XIX веков, когда башкирские и татарские роды, переходя на оседлый образ жизни и попадая в сферу русского делопроизводства, получали фамилии по отцу: Тукун → сын Тукуна → Тукунов. То есть первоначально это отчество, ставшее наследственным.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от полных христианских имён, Тукунов сохранил доисламское, родовое имя. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, не были крещёными или приняли православие поздно, уже с готовой фамилией. Встречается фамилия в основном в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — в зоне расселения башкир и татар.

Встречается также версия, связывающая фамилию с монгольским или калмыцким словом «тукун» — «знамя», «стяг», но она менее убедительна: суффикс -ов в таком случае был бы нетипичен для калмыцкой ономастики, где чаще встречаются фамилии на -ев или -ин. Поэтому башкирско-татарское происхождение остаётся основным.