Фамилия Тутанхамон — случай исключительный: она почти наверняка не имеет отношения ни к древнеегипетскому фараону, ни к каким-либо местным прозвищам, связанным с мумиями или пирамидами. В русской ономастике эта фамилия — искусственное, позднее образование, возникшее, скорее всего, в семинарской среде или среди людей, получивших фамилию по воле начальства (например, при крепостном праве или при записи в рекруты). Основа здесь — не реальное имя, а книжный, «учёный» образ, который давали за необычную внешность, высокий рост, тёмный цвет кожи или волос, либо просто ради экзотики.

Словообразовательная модель проста: к основе «Тутанхамон» добавлен нулевой суффикс — фамилия осталась в форме исходного имени без типичных русских окончаний -ов, -ин, -ский. Такие «голые» фамилии (как Гоголь, Крылов, но без суффикса) встречаются редко и чаще всего указывают на нерусское происхождение основы или на искусственное, книжное присвоение. В данном случае фамилия могла быть дана в духовных училищах или семинариях, где будущим священникам нередко присваивали звучные, «античные» или библейские фамилии (например, Аполлонов, Иерусалимский). Тутанхамон — вариант того же порядка, но с уклоном в древнеегипетскую историю, модную после открытий в Долине царей в начале XX века.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону, но её носители встречаются преимущественно на территории бывшей Российской империи, что подтверждает её искусственное, а не этническое происхождение. Вероятно, большинство Тутанхамонов — потомки выходцев из духовного сословия или крестьян, получивших фамилию при переписи от грамотного писаря, увлекавшегося историей.

Другие версии, например, что фамилия восходит к реальному прозвищу «Тутанхамон» (человек с большим носом, как на масках фараонов, или любитель золота), выглядят натянутыми. В народной среде такое прозвище просто не могло возникнуть: имя фараона стало широко известно только после 1922 года, а фамилии в России массово фиксировались раньше. Таким образом, единственная правдоподобная версия — книжное, семинарское или канцелярское происхождение, где экзотическое имя давали «для красоты», без связи с реальной жизнью предка.