Фамилия Тутанина — один из тех случаев, когда внешне простая основа порождает несколько версий происхождения. Прежде всего, обращает на себя внимание суффикс -ин. В русской антропонимии он указывает на принадлежность: Тутанин — «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Тутана. Женская форма Тутанина образована от мужской стандартным для русских фамилий способом.

Корень «тут-» неоднозначен. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «тута», которое в ряде говоров (особенно северных и уральских) означало «здесь, тут». Прозвище Тутана могли дать человеку, который часто употреблял это слово в речи, или же пришлому, которого местные дразнили «тутошним», то есть не здешним, а только что появившимся. В таком случае фамилия относится к группе «географических» прозвищ, указывающих на место жительства или происхождение.

Менее распространённая, но допустимая версия — от имени Тутан, которое могло быть производным от крестильного имени, например, Фотий или Тит, через просторечные формы. В ономастике известны случаи, когда «Тута» выступало как уменьшительное от имён, начинающихся на «Т-», но доказательств для фамилии Тутанина немного.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северо-востоку европейской части России. Встречается в Архангельской, Вологодской областях, а также в Пермском крае — как раз в зоне бытования северных говоров, где слово «тута» было в ходу. Это косвенно подтверждает первую версию: предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, получившими прозвище по местной речевой особенности.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Тутаев, Тутин, Тутанов — то Тутанина выделяется именно суффиксом -ин, который в женском роде сохраняет исходную форму прозвища без изменений. Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а: как Сорокина, Шишкина, так и Тутанина.