Фамилия Тымофий — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а, скорее всего, его искажённая или диалектная форма. Прямой и самый очевидный источник — каноническое имя Тимофей. В народном произношении, особенно в южнорусских и украинских говорах, начальное «Ти» часто переходило в «Ты», а окончание «-ей» редуцировалось до «-ий». Так Тимофей превращался в Тымофия. Фамилия, таким образом, образована напрямую от этого просторечного варианта имени без дополнительного суффикса — по модели, характерной для украинской и белорусской ономастики, где фамилии нередко совпадают с полной формой имени или прозвища (ср. Иван, Павел, Степан).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «тымофей» (или «тымофий»), которое в некоторых говорах обозначало растение тимофеевку (луговую траву). В таком случае прозвище мог получить косарь, крестьянин, чей покос славился этой травой, или же человек, живший на поле, засеянном тимофеевкой. Однако эта гипотеза слабее, так как имя Тимофей было повсеместно распространено, а ботаническое название вторично.

Обратите внимание на суффиксальное оформление. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев (Тимофеев), фамилия Тымофий застыла в именительном падеже. Это указывает на её возможное происхождение в среде, где фамилии фиксировались позже и проще — среди казачества, однодворцев или в западнорусских землях. Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и прилегающим областям России (Брянская, Курская), где аканье и замена «и» на «ы» были нормой живой речи.

Социальный контекст: носитель фамилии Тымофий, скорее всего, не принадлежал к высшему сословию. В дворянской среде фамилии образовывали по книжному, церковному образцу (Тимофеев). Просторечная форма «Тымофий» — признак крестьянской или мещанской среды, где имя записывали со слуха, так, как произносили в семье. Это не делает фамилию «простой», а, наоборот, сохраняет живую фонетику прошлого — звук, который слышали писарь и священник в XIX веке.