Фамилия Тышканбаев — редкий пример, в котором тюркская основа скрестилась с русским суффиксом принадлежности. Если отбросить типовое окончание -ев, остаётся корень Тышканбай. Это сложное имя, типичное для казахской и других тюркских антропонимических традиций, где «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». Первая часть — Тышкан — скорее всего, восходит к тюркскому слову со значением «мышь» (ср. казахское «тышқан»). Такое сочетание на первый взгляд кажется странным: зачем называть человека «мышиный богач»?

Ономасты объясняют это древним обычаем «охранительных» имён. Считалось, что если назвать ребёнка чем-то мелким, незначительным или даже неприятным, злые духи не позарятся на него и не навлекут болезней. Имя Тышканбай давали, чтобы обмануть судьбу: пусть враги думают, что мальчик никчёмный, а он вырастет крепким и богатым. Встречается и более прозаическая версия: Тышкан могло быть прозвищем ловкого, юркого человека, который «проскользнёт» везде, как мышь. В таком случае Тышканбай — «ловкий хозяин».

По модели образования фамилия — типичный патроним на -ев, то есть «сын Тышканбая». Русский суффикс прирастили к тюркскому имени при оформлении документов в XIX — начале XX века, когда казахи и другие кочевые народы получали фамилии по отцу. Географически фамилия тяготеет к Казахстану, особенно к южным и западным областям, реже встречается среди башкир и татар.

Спорных версий немного: иногда первую часть пытаются возвести к арабскому корню, но это натяжка — фонетика и семантика уверенно указывают на тюркское «мышь». Фамилия не получила широкого распространения за пределами Средней Азии, поэтому в российских архивах XIX века она почти не фиксируется. Носители Тышканбаевых — потомки людей, носивших охранительное имя, которое со временем перестало казаться странным и закрепилось как родовое.