Фамилия Тюнегина — женская форма фамилии Тюнегин, которая образована от мужского личного имени или прозвища Тюнега. В её основе лежит суффикс -ин, типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «чей?» — «сын Тюнеги». Такая модель была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в среде крестьян и посадских людей.

Корень «Тюн-» вызывает несколько версий. Самая прямая — от слова «тюня», которое в диалектах (например, в вятских и архангельских говорах) означало «тихоня», «неповоротливый человек», «рохля». Прозвище Тюня или Тюнега могли дать медлительному, задумчивому или нерасторопному человеку — такие имена-характеристики в русской деревне были обычным делом. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «тюне» (ночь) или с финно-угорскими основами, но для фамилии, бытующей преимущественно в русских регионах, диалектное прозвище — самое правдоподобное объяснение.

Стоит обратить внимание на суффикс -ег- в основе. В русском языке он встречается в уменьшительных или пренебрежительных формах (сравните: «дружок» — «дружега», «парень» — «парнега»). То есть Тюнега — это не просто Тюня, а скорее «этакий Тюня», с оттенком фамильярности. Такая словообразовательная модель нечаста, что делает фамилию Тюнегина более редкой и локальной, чем, скажем, Тюнин или Тюнькин.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в списки распространённых. Географически её можно встретить в Нижегородской, Кировской и Вологодской областях, что совпадает с ареалом бытования слова «тюня». Известных носителей с общероссийской известностью нет, что типично для фамилии, возникшей в крестьянской среде и не попавшей в дворянские родословные книги.