Фамилия Тюнегин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, но разобрать её можно довольно уверенно. В основе лежит прозвище или имя Тюнега. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Тюнеги, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Самая вероятная версия связывает корень с тюркским словом «тюнек» или «тюн» — ночь, тёмный. В диалектах и старых говорах «тюня» или «тюняга» могло означать человека смуглого, чернявого, либо того, кто работает по ночам, сторожа. В некоторых русских говорах слово «тюня» имело значение «увалень», «неповоротливый человек», но для фамилии такое прозвище менее характерно — обычно их давали по более яркому внешнему признаку.

Интересна словообразовательная модель: фамилия заканчивается не на -ин, а на -егин, что встречается реже. В русской ономастике суффикс -ега часто придаёт слову оттенок увеличительности или пренебрежения (ср. «ветрогон» — «ветрогоня», «гуляка» — «гуляга»). То есть Тюнега — это не просто «тёмный», а «тёмный до черноты» или «ночной скиталец». Такие формы были характерны для северных и вологодских говоров.

Географически фамилия Тюнегин встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает версию о тюркском влиянии: в этих краях смешение с татарским и башкирским населением было обычным делом. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из татарской или чувашской среды, где прозвище Тюнега (от «тюн» — ночь) было бы понятным и естественным.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Среди дворян Тюнегины не известны. В документах XVII–XVIII веков встречаются единичные упоминания крестьян с такой фамилией в Казанской и Вятской губерниях.

Таким образом, Тюнегин — фамилия, образованная от прозвища по внешнему признаку (смуглый, чернявый) или по роду занятий (ночной сторож). Она несёт следы тюркского влияния и закрепилась в северо-восточной части России.