Фамилия Тюненков — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В ней отчетливо слышен суффикс -енк-, который в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. Этот суффикс характерен для украинской или южнорусской модели образования фамилий (сравните: Коваленко, Бондаренко), но здесь он оброс дополнительным -ов, что указывает на обрусение исходной формы. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был записан как Тюненко, а при переезде в великорусские губернии или при смене сословия фамилию адаптировали под местную норму, добавив типичный русский суффикс принадлежности.

Основа фамилии — Тюн- — может восходить к нескольким корням. Самый прямой путь — к личному имени Тюня. Это уменьшительная форма от православных имен Артемий (в народе Артюня, Тюня), или от Тихон (Тиша, Тюня), или даже от Петр (Петюня, Тюня). В таком случае Тюненков — это «сын Тюни», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Тюней. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище от диалектного слова «тюня» — так в некоторых говорах называли медлительного, вялого человека или, наоборот, того, кто «тюнит» (ныряет, прячется). Однако прозвищный путь для фамилии с таким суффиксом менее типичен.

Географически фамилия Тюненков тяготеет к южным областям России — Курской, Белгородской, Воронежской, а также к бывшим украинским территориям. В этих краях фамилии на -енко были массовыми, и последующее прибавление -ов — типичный признак того, что носитель перешел в состав великорусского служилого или крестьянского сословия. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Тюнин и Тюнев — более прямые, без украинского следа, а Тюненко — чистая украинская форма. Тюненков стоит между ними, как гибрид, рожденный на стыке двух культур.

Таким образом, перед нами фамилия-«переселенец». Её носитель с большой вероятностью был выходцем из малороссийской среды, чью фамилию в итоге «обрусили» административным путем. Корень же ведет к простому, но распространенному в старину домашнему имени Тюня, которое могло принадлежать и крестьянину, и ремесленнику, и казаку.