Фамилия Убонееа — редчайший случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий окончание. Подавляющее большинство русских фамилий заканчивается на -ов, -ев, -ин, -ский, -их или -ко. Окончание -еа не вписывается ни в одну из стандартных словообразовательных моделей. Уже одно это говорит о том, что перед нами фамилия не русского, а скорее всего, иноязычного происхождения, адаптированная на русской почве.

Наиболее вероятная версия — фамилия Убонееа восходит к грузинской фамилии Убинеа (უბინეა). В грузинском языке суффикс -еа (-ეა) часто встречается в фамилиях (например, Гогеа, Чхеа) и указывает на принадлежность к роду или местности. Основа «убине» может быть связана с грузинским словом «убини» (უბინი) — «бедный, неимущий». В таком случае фамилия Убинеа означала «бедняк» или «принадлежащий к бедному роду». При переходе в русскую среду буква «и» могла измениться на «о» под влиянием акающего произношения (как «Убоня» вместо «Убиня») или из-за ошибки писаря при записи.

Менее вероятная версия — связь с греческой фамилией Убонеос или её вариантами. В греческом суффикс -еос указывает на происхождение из определённого места. Однако без документальных подтверждений эта гипотеза остаётся лишь предположением.

Фамилия Убонееа крайне редка. В открытых источниках и базах данных переписей она практически не встречается, что подтверждает её единичный, возможно, «документальный» характер — то есть она могла возникнуть в результате искажения исходной фамилии при записи в метрических книгах или советских паспортах. Носители такой фамилии, скорее всего, имеют грузинские корни, а сама фамилия — это русифицированная форма грузинского родового имени.