Фамилия Убонеев — редкая и неочевидная. Её основа не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда стоит начать с поиска корня, а не с суффикса. Суффикс -еев указывает на отчество от прозвища или имени на -ей: как Алексеев от Алексей, так и Убонеев от Убоней. Вопрос в том, что такое «Убоней».

Самая вероятная версия — диалектное или искажённое прозвище, связанное с глаголом «убонать» или «убонить». В некоторых южнорусских и украинских говорах «убонать» означало «ударить», «стукнуть», «грохнуть». Соответственно, Убоней — человек, который «убонул», то есть либо силач, либо тот, кто славился неожиданным или грубым ударом. Прозвища от глаголов в повелительном наклонении или в форме прошедшего времени — обычное дело для русской ономастики: Вздёрни, Стукни, Ударь. Убоней могло быть ироничным прозвищем драчуна или, наоборот, человека, который однажды совершил громкий поступок.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского имени Убон или Убоней, которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. В этом случае значение затемнено, но фамилия могла бы указывать на этническое происхождение предка. Однако для этой гипотезы нет надёжных параллелей в распространённых тюркских антропонимах, поэтому прозвищная версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Убонеев встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в центральных областях России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Сословно — скорее всего, крестьянская или однодворческая, поскольку прозвища такого типа редко встречались у дворянства.

Таким образом, предок носителя фамилии Убонеев, вероятно, получил прозвище Убоней за физическую силу или резкий нрав, а его потомки стали Убонеевыми. Фамилия не имеет отношения к церковным именам и не связана с географическими названиями — она целиком из бытовой, устной традиции.