Фамилия Удонина — женская форма, а в её основе лежит мужская фамилия Удонин, образованная по простой и распространённой модели: от прозвища или имени через суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Удонин, то есть сын Удони. Само имя или прозвище Удоня — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Удон. Здесь и кроется главная загадка.

Имя Удон — редкое, но не уникальное. В православных святцах его нет, однако в древнерусской традиции так называли при крещении в честь святого Удона, почитаемого в западных областях славянского мира (например, в Чехии и Польше). Другая, более бытовая версия связывает Удоню с устаревшим словом «уд» — часть тела, член. В диалектах «удоня» могли называть человека с заметной особенностью телосложения, либо, в переносном смысле, крепкого, «ладного» мужчину. Никонов в своих работах по ономастике не раз указывал, что прозвища от «уд» встречались в крестьянской среде без грубого оттенка, а скорее как бытовая характеристика.

Третий вариант — происхождение от глагола «удонить» или «удонять», который в рязанских и тамбовских говорах означал «убедить, уговорить, склонить на свою сторону». Прозвище Удоня в таком случае давали словоохотливому, умеющему настоять на своём человеку, возможно, деревенскому ходатаю или торговцу. Эта версия кажется самой живой, потому что объясняет, почему прозвище не исчезло, а закрепилось за родом.

Географически фамилия Удонина встречается в основном в центральных регионах России, особенно в Нижегородской и Костромской областях, а также в Поволжье. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были не дворянами, а государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию в XIX веке при переписях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, модель на -ин чаще закреплялась за прозвищами, оканчивавшимися на -а/-я, что лишний раз подтверждает: родоначальника звали Удоня, и это было его уличное, нецерковное имя.