Фамилия Уфаевы — редкий случай, когда географическое название стало основой для фамилии почти без изменений. В основе лежит слово «Уфа» — название города и реки. Такая модель образования встречается нечасто: обычно топонимы давали прозвища с суффиксами (-ский, -цкий, -ич), а здесь перед нами почти прямая основа, к которой добавили патронимический суффикс -ев.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что исходное слово оканчивалось на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа «Уфа» даёт форму «Уфаев» (сын человека по прозвищу Уфай или Уфа). Прозвище Уфа мог получить человек, приехавший из тех мест, либо тот, кто имел какую-то связь с городом или рекой — торговал с башкирскими землями, служил в уфимском гарнизоне, или просто отличался говором, который окружающие связывали с уфимцами.

В исторической перспективе фамилия Уфаевы — скорее всего, поздняя, сформировавшаяся не раньше XVIII века, когда массово закреплялись фамилии у крестьян и мещан после ревизий. В дворянской среде такая форма почти не встречается: дворяне предпочитали фамилии на -ский, подчёркивавшие владение землёй. Уфаевы — это, вероятно, выходцы из простонародья, которые получили фамилию по месту прежнего жительства или по прозвищу.

Стоит учесть и другую версию: в тюркских языках есть слово «уф» (звукоподражание, связанное с дуновением или вздохом), но для фамилии Уфаевы это маловероятно — русская модель образования с суффиксом -ев и явная топонимическая основа говорят в пользу уфимского следа. Встречаемость фамилии крайне низкая, она практически не выходит за пределы нескольких регионов, что подтверждает её локальное происхождение.