Фамилия Уньковский — классический пример «географической» модели образования на -ский, но с довольно редкой основой. Такие фамилии обычно получали дворяне или выходцы из духовенства по названию своего поместья или места службы. В основе фамилии лежит топоним Уньково — так могло называться село, деревня или урочище.

Корень «Уньк-» — самый спорный элемент. Самая правдоподобная версия связывает его с древнерусским словом «унь» (или «уний»), означавшим «лучший», «более совершенный» (родственное латинскому unus — «один», в смысле «первый»). В диалектах также встречается «уный» — молодой, сильный. Если так, то Уньково — это «поселение лучших» или «место удальцов». Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом (названием реки) — например, с рекой Унья в Пермском крае, но тогда форма скорее была бы Уньинский.

Суффикс -ов- в основе топонима указывает на принадлежность: Уньково — это «земля человека по прозвищу Унь» или «место, названное по реке Унь». Конечное -ский превращает фамилию в типично польскую или западнорусскую шляхетскую: владелец Унькова звался Уньковским, а его потомки закрепили эту форму.

Социальный контекст: фамилия Уньковский встречается в родословных книгах дворянства, например, в Смоленской и Тверской губерниях. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были служилыми людьми — помещиками, владевшими сельцом Уньково. В духовном сословии фамилии на -ский тоже давали по названию храма или села, но для Уньковского это менее характерно: форма с -ов- в основе выдает именно владельческое, а не церковное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными: фамилия Уньков (без -ский) проще и могла принадлежать крестьянину или мещанину из того же Унькова. Уньковский же — маркер более высокого статуса, почти всегда дворянского, хотя и не обязательно титулованного. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: скорее всего, все Уньковские — потомки одного рода, разошедшегося по разным губерниям.