Фамилия Усаханов, на первый взгляд, кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько вопросов. Самая очевидная версия — происхождение от прозвища Усак. В тюркских языках, откуда пришло множество фамилий с суффиксом -ов, «усак» может означать «сплетник», «болтун» или «клеветник». Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное русское слово «усак» — так в некоторых говорах называли усатого человека, но эта гипотеза менее правдоподобна, поскольку фамилия сконцентрирована в регионах с тюркским влиянием.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Усак добавляется патронимический суффикс -ан, который в данном случае не является уменьшительным, а скорее выполняет роль форманта, характерного для тюркских заимствований (сравните: Арслан — Арсланов, Урак — Ураков, Усак — Усаков). Форма Усаханов, вероятно, возникла из-за того, что в живой речи звук «к» перед суффиксом -ан мог чередоваться с «х» (как в словах «казак» — «казаханский»), что закрепилось на письме. Таким образом, Усаханов — это «сын Усака», то есть потомок человека, носившего прозвище Усак.

В пользу тюркского происхождения говорит и география фамилии. Согласно данным переписей и телефонных справочников, Усахановы чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане и соседних регионах Урала и Поволжья. Это зона активного взаимодействия русского и тюркского населения, где подобные фамилии формировались веками. Сословно предки Усахановых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками, а не дворянами: фамилия не фиксируется в родословных книгах, а ее основа — простое прозвище, а не имя святого или знатного рода.

Стоит упомянуть, что в русском языке существует фамилия Усачев, образованная от слова «усач». Усаханов с ней не связан: у них разная морфология и разная история. Если Усачев — чисто славянский вариант, то Усаханов — яркий пример того, как тюркское прозвище адаптировалось к русской фамильной системе, сохранив при этом свою фонетическую форму.