Фамилия Усайнова — женская форма мужской фамилии Усайнов, а та, в свою очередь, образована от личного имени или прозвища Усайн. На слух это сразу отсылает к тюркскому миру: суффикс -ов/-ев, типичный для русских фамилий, здесь наслоился на основу, которая в исконно русских именах не встречается. Скорее всего, в основе лежит имя Усайн — один из вариантов арабского имени Хусейн (в тюркской огласовке), которое означает «маленький красивый», «хорошенький» или «добрый». Хусейн — чрезвычайно почитаемое имя в исламе, так звали внука пророка Мухаммеда, поэтому его производные широко распространены у народов, принявших ислам: у татар, башкир, казахов, народов Кавказа.

Возможен и другой, более прозаичный путь. Усайн могло быть не именем, а прозвищем от тюркского слова «усал» (злой, хитрый) или «ус» (мастер, умелец). В таком случае фамилия указывала бы на характер или ремесло предка. Но имя Хусейн встречается настолько часто, что эта версия выглядит основной.

По модели образования фамилия Усайнов — типичная «патронимическая»: она отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Усайна». Носитель фамилии, скорее всего, происходил из среды, где родовые имена на -ов/-ев стали стандартом — из татарского или башкирского дворянства, купечества или духовенства, либо из крестьян, получивших фамилию при переписях XIX века. Географически фамилия Усайнова встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах расселения татар и башкир. В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ин указывает на основу на -а/-я (например, Пушкин от Пушка), здесь мы видим -ов, что для тюркских основ в русской передаче обычное дело: имя на согласный (Усайн) даёт именно -ов.

Встречаются и варианты написания — Усейнов, Усеинов, что связано с разной передачей тюркского звука «й» и гласных в русских документах. Но написание через «а» (Усайнов) — один из самых частых и закрепившихся в паспортной системе. Таким образом, фамилия Усайнова прямо указывает на имя предка, которое несло в себе религиозный или положительный смысл, и на его тюркские корни.