Фамилия Усейкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Усейка — сын Усея, то есть «чей?» — Усейкин. Основа здесь — краткая форма крестильного имени.

Скорее всего, Усейкин восходит к имени Осия (через народную форму Усей). Осия — древнееврейское имя, означает «спасение». В русском просторечии оно нередко утрачивало начальный гласный и звучало как Усей, Усейка. Такая трансформация типична: вспомните Остап — Устап, или Осип — Усип. Соответственно, Усейкин — это «сын Усейки», то есть потомок человека, которого в быту звали Усей.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с нецерковным прозвищем Усей, которое могло произойти от слова «ус» (усы) или от глагола «усеять» (например, человека с рябым лицом могли прозвать Усеянным, а в краткой форме — Усей). Однако в пользу первой, «именной» версии говорит то, что фамилии на -ин от прозвищ с корнем «ус» обычно выглядят иначе: Усов, Усачёв, Усиков. Форма Усейкин явно тяготеет к имени.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и центральных областях России. По сословной принадлежности носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянской среде такие «простые» патронимические фамилии на -ин встречались реже.

Единственная деталь, которая отличает Усейкина от десятков похожих фамилий, — это сохранение древней народной формы имени Осия. В письменных источниках XVII–XVIII веков можно встретить запись «Усейка Осипов сын» — двойное указание на одно и то же имя в просторечном и полном вариантах.