Фамилия Усипенко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, характерный для Поднепровья и Слобожанщины, в XVII–XVIII веках выполнял ту же роль, что русский -ов/-ев или польский -ович: указывал на сына или потомка человека по имени или прозвищу. В основе Усипенко лежит имя Усип — народная, разговорная форма канонического имени Иосиф. В украинской среде «Иосиф» превращался в «Осип», а затем и в «Усип» (с характерным переходом начального «о» в «у» в некоторых говорах). Таким образом, Усипенко — буквально «сын Усипа», то есть потомок человека по имени Иосиф.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с глаголом «усипати» (усыпать, засыпать). В этом случае прозвище Усип мог получить человек, занимавшийся, например, отсыпкой зерна или засыпкой чего-либо. Однако имя Иосиф — гораздо более распространённый источник для фамилий на -енко, и версия с прозвищем остаётся в тени основной.

Фамилия Усипенко типична для центральной и восточной Украины. В России она встречается реже и часто связана с переселенцами из украинских губерний в XIX — начале XX века. По сословной принадлежности предки Усипенко, скорее всего, были казаками или крестьянами: именно в этих средах модель на -енко была преобладающей, в отличие от дворянских фамилий на -ский или -ов.

Интересно, что фамилия Усипенко, в отличие от более распространённой Осипенко, сохранила именно украинский фонетический облик. Если Осипенко — это русифицированный вариант (от Осип), то Усипенко — форма, не тронутая литературной нормой, живая народная речь, закреплённая в официальном документе. Такие детали помогают историкам проследить пути миграции и степень ассимиляции носителей фамилии в разных регионах.