Скорее всего, Устеня — это одна из форм мужского имени Юстин (из латинского имени Юстинус, в основе которого лежит слово «justus» - «справедливый»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Устеников образована от прозвища Устеня (от украинского «устя» - «устье»). Возможно, основатель рода Устениковых жил возле устья реки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Устеня, со временем получил фамилию Устеников.