Фамилия Вадюнин — яркий пример того, как редкая основа в сочетании с типичным суффиксом создаёт запоминающуюся и неочевидную с первого взгляда фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть предка звали Вадюня. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я.

Корень «Вад-» сразу вызывает вопрос. Самая прямая и правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «вадить» — в ряде говоров это означало «манить, привлекать, зазывать» или, напротив, «медлить, мешкать». Прозвище Вадя или Вадюня мог получить человек, который любил зазывать гостей, завлекать покупателей (например, торговец-зазывала) либо, наоборот, отличался медлительностью — «вадил» с делом. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к каноническому имени Вадим, где форма Вадюня — это уменьшительно-ласкательный вариант (как Вадя, Вадик). В таком случае фамилия Вадюнин означала бы «сын Вадюни», то есть потомок человека по имени Вадим.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «вадить» было в ходу. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от широко распространённого имени. Интересно, что однокоренные фамилии — Вадин, Вадюков, Вадяев — хоть и редки, но образуют небольшое гнездо, объединённое одним корнем. Таким образом, предок современного Вадюнина, скорее всего, был человеком с заметной чертой характера или поведения, за что и получил прозвище, закрепившееся в фамилии на несколько поколений.