Фамилия Вадюнина — женская форма, а её мужской вариант, Вадюнин, встречается реже. В основе лежит не церковное, а мирское имя или прозвище Вадюня. Это уменьшительная форма от имени Вадим, которое на Руси было распространено, но не так часто, как, скажем, Иван или Пётр. Имя Вадим — древнерусское, восходит к слову «вадити» (ссорить, сеять смуту) или, по другой версии, к корню со значением «привлекать, манить». Однако в быту оно обросло ласкательными вариантами: Вадя, Вадюня, Вадюха.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Вадюнин, то есть сын или потомок Вадюни. Такая модель образования — одна из самых древних в русской ономастике, она характерна для имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В этом смысле Вадюнин стоит в одном ряду с фамилиями Путятин (от Путята), Фомин (от Фома) или Ильин. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где были сильны традиции некалендарных имён и прозвищ. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища.

Интересно, что в некоторых говорах «вадить» означало не только «ссорить», но и «задерживать, медлить». Если прозвище Вадюня дали человеку медлительному или, наоборот, задиристому, то фамилия сохранила эту бытовую характеристику предка. Других версий, например, связи с географическими названиями или тюркскими корнями, для этой фамилии нет — она однозначно славянская по происхождению и словообразованию.