Фамилия Ванюнина образована от имени Ванюня, которое является уменьшительно-ласкательной формой крестильного мужского имени Иоанн, что в переводе с древнееврейского языка означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ванюня, со временем получил фамилию Ванюнина.