Фамилия Вагила — редкий случай, когда основа не бросается в глаза. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, а окончание -а указывает на то, что перед нами, скорее всего, прозвище, которое застыло в форме именительного падежа. Такие фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвища не переделывали в притяжательные формы, а оставляли как есть.

Корень «ваг-» в славянских говорах многозначен, и здесь важно не уйти в фантазии. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «важить» — взвешивать, или с существительным «вага» — вес, тяжесть, а также рычаг для поднятия грузов, весы. В южных и западных областях «вага» означала ещё и важность, значение. Прозвище Вагила могли дать человеку грузному, тяжеловесному, либо, наоборот, степенному и рассудительному — «важному» в старом смысле слова.

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к литовскому корню: vãgis — вор. В зоне пограничья с Литвой и Беларусью такие заимствования в прозвищах не редкость. Однако для фамилии Вагила эта этимология менее правдоподобна, так как в русских говорах «вага» закрепилась прочнее, а прозвища по физическим качествам давали чаще, чем по криминальным.

Суффикс -ила типичен для прозвищ, характеризующих человека по действию или свойству: Губила, Воротила, Светила. Вагила в этом ряду — тот, кто «важит», то есть взвешивает, оценивает, либо тот, кто сам «тяжёл». Такие прозвища часто становились фамилиями без изменений, особенно в среде крестьян и казаков.

Географически фамилия привязана к юго-западу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Черниговской и Полтавской губерниях исторически. Это не аристократическая фамилия — её носители были, скорее всего, крестьянами или мещанами, а прозвище давалось в быту односельчанами.

Однокоренные фамилии — Ваганов, Вагин, Вага — проясняют картину. Вагин образован от той же «ваги», но через притяжательный суффикс. Вагила же сохранила архаичную форму прозвища, что делает её ценной для лингвиста: она как бы законсервировала живую речь XVI–XVII веков, когда человека могли назвать просто по его примете, не переделывая в отчество.