Фамилия Вагжанов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозвище или профессия предка. В основе фамилии лежит название реки Вагжа — так в Архангельской области называют приток Северной Двины. Человек, живший на этой реке или переселившийся с её берегов, получал прозвище Вагжан, то есть «житель с Вагжи». Суффикс -ан- в северных говорах нередко указывал на принадлежность к местности (ср. «пинежанин» — с Пинеги, «мезенец» — с Мезени). Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: Вагжан + -ов, то есть «сын Вагжана».

Встречается и версия, что основа могла быть связана с диалектным словом «вага» — в некоторых русских говорах так называли рычаг, тяжесть или даже упрямого человека. Тогда Вагжан — это прозвище сильного или своенравного человека. Однако эта гипотеза слабее: слово «вага» дало бы фамилии Вагин или Ваганов, а форма с -ж- указывает именно на гидроним. В ономастических справочниках фамилия Вагжанов не упоминается среди распространённых, что подтверждает её узколокальное происхождение.

Фамилия почти не встречается за пределами Русского Севера. По переписям XIX века носители фамилии жили в основном в Холмогорском и Шенкурском уездах Архангельской губернии. Судя по всему, предки Вагжановых были государственными крестьянами или поморскими промышленниками — охотниками, рыбаками, речниками. Сословная принадлежность здесь очевидна: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное окончание -ов, хотя в северных говорах часто встречаются фамилии на -их/-ых (Вагжаных). Возможно, письменная фиксация в церковных книгах «закрепила» форму с -ов, тогда как в устной речи бытовал иной вариант. Сегодня Вагжанов — фамилия редкая, но её носители до сих пор встречаются в Архангельской области и среди потомков северных переселенцев в Сибири.