Фамилия Вахрухина — женская форма, а мужская, Вахрухин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от личного имени или прозвища с помощью притяжательного суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Вахрухин буквально значил «сын Вахруха» или «человек из рода Вахруха».

Основа фамилии — имя Вахрух. Это не случайное прозвище, а народная, обиходная форма календарного крестильного имени Варлаам. В русской традиции полные церковные имена часто сокращали и переделывали на свой лад: Варлаам превращался в Варлаха, Варлашу, а затем и в Вахрушу или Вахруха. Переход «л» в «х» — характерная черта для ряда русских говоров (сравните: Полуэкт — Пахом, Елизар — Елисей). Таким образом, Вахрух — это уменьшительно-обиходный вариант имени Варлаам, которое имеет арамейские корни и, по одной из версий, означает «сын народа» или «народный».

Сама по себе фамилия Вахрухин не дворянская и не купеческая. Она относится к так называемому «простонародному» пласту русских фамилий, которые массово закрепились за крестьянами и мещанами в XIX веке после отмены крепостного права. Носителями фамилии были, скорее всего, жители северных и центральных губерний России — в тех краях имя Варлаам и его производные встречались особенно часто. Встречается фамилия и у старообрядцев, которые чтили преподобного Варлаама Хутынского.

Стоит отметить, что фамилия Вахрухин не имеет отношения к слову «вахруш» (так в некоторых говорах называли шалуна или неряху). Это вторичное, народно-этимологическое сближение, не подтверждённое историей имени. Первичным всегда остаётся крестильное имя.

В написании возможна путаница: иногда фамилию путают с Вахрушев (от Вахруш) или Вахрамеев (от Вахрамей, другой формы Варлаама). Но Вахрухин стоит особняком именно благодаря своему суффиксу -ин и основе на твёрдый согласный, что типично для фамилий из северных и сибирских регионов.