Фамилия Вахтенкова — женская форма от Вахтенков, и в её основе лежит необычное для русских фамилий слово «вахта». Вопреки первому впечатлению, предок носителя этой фамилии вряд ли был часовым или моряком, стоящим на вахте. В народной среде «вахтой» часто называли сторожевую службу, но ещё чаще — отбывание какой-либо повинности или дежурство по очереди. Однако есть и другая, более конкретная версия: в северных и сибирских говорах «вахта» — это название растения вахта трёхлистная, или трифоль, которую использовали как лекарственное средство. Прозвище Вахта могли дать травнику, знахарю или просто человеку, жившему возле зарослей этого растения.

Словообразовательная модель Вахтенков — через суффикс -енк- — указывает на западнорусское или украинско-белорусское происхождение. Суффикс -енк(ов) характерен для фамилий, возникших на землях бывшего Великого княжества Литовского, особенно в Смоленской, Брянской, Псковской областях и на востоке Беларуси. Если бы фамилия образовалась в центральной России, она скорее звучала бы как Вахтин или Вахтов. Форма на -енков говорит о том, что предок носителя, вероятно, был выходцем из этих регионов, а сама фамилия закрепилась позже, уже в великорусской среде, когда суффикс -ов добавился к основе Вахтенк-.

Вахтенков — фамилия редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов и не фиксируется в старых боярских книгах. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища стали переходить в наследственные именования. Поскольку корень слова не связан с церковным именем, можно уверенно говорить, что Вахтенков — прозвищная фамилия, а не от имени.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие родственники — Вахтин, Вахтов, Вахтеров. Но Вахтенков выделяется именно редким суффиксом, который сохраняет старую диалектную форму прозвища. Вахта — не вахта на корабле, а что-то своё, местное: то ли трава, то ли сторожевая служба в деревне.