Фамилия Вахненков — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко и последующей обрусевшей формой с добавлением -ов. Чтобы понять её происхождение, стоит разобрать цепочку: в основе лежит имя или прозвище Вахно. Это, в свою очередь, уменьшительная или просторечная форма от канонического крестильного имени Варфоломей (арамейское «сын вспаханной земли», «сын Толмая»). В народной речи имя Варфоломей претерпело сильное сокращение: отпали первые слоги, и осталось ядро «Вахн-», к которому добавился типичный украинский уменьшительный суффикс -о.

Итак, Вахно — это человек по имени Варфоломей. От него образовали отчество-прозвище Вахненко («сын Вахны») по распространённой в XVI–XVII веках на территории современной Украины модели. Фамилии на -енко в то время фиксировали принадлежность к роду и часто закреплялись за казаками, крестьянами или мещанами. Когда носители такой фамилии оказывались в великорусских губерниях или при документировании в Российской империи, к основе Вахненк- добавляли русский патронимический суффикс -ов, чтобы привести фамилию к привычному для официальных бумаг виду. Так Вахненко превратился в Вахненкова.

Сам по себе суффикс -енко в фамилиях — один из самых узнаваемых маркеров украинского происхождения. Вахненков — это «притяжательная» форма, указывающая на потомка: буквально «чей? — Вахненков», то есть «сын Вахненко». Встречаются и однокоренные фамилии без наращения -ов: Вахненко, Вахнин, а также более редкие Вахнов, Вахнюк. Все они восходят к тому же народному варианту имени Варфоломей.

Нельзя исключать, что в редких случаях основа Вахно могла произойти не от имени, а от прозвища, связанного с диалектным словом «вахнуть» (ударить, стукнуть) или «вахлак» (неуклюжий человек), но это менее вероятно: именная версия поддерживается массовостью аналогичных фамилий (Яковенко — Яков, Даниленко — Данила, Вахненко — Вахно). Географически фамилия Вахненков чаще всего встречается на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её миграционный путь: из украинских земель на Дон, Кубань и в Поволжье. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет — она типично крестьянская или казачья.