Фамилия Ваненковы, как и многие русские фамилии, восходит к крестильному имени Иоанн, которое в обиходе получило форму Иван (с древнееврейского — «милость Божия»). В основе фамилии лежит не само полное имя, а его уменьшительно-ласкательный вариант — Ваня. Такая модель образования фамилий от домашних, повседневных форм имени была очень распространена: от нее же произошли Ванин, Ванечкин, Ванюшин и другие.

Интересна и словообразовательная история фамилии. В её структуре прослеживается два этапа. Первоначально, скорее всего, на территории современных Украины или Белоруссии сложилась фамилия Ваненко — с характерным для этих мест патронимическим суффиксом -енко, который в буквальном смысле означал «сын Вани» или «маленький Ваня». Затем, при миграции носителей этой фамилии в великорусские земли, произошла её русификация: к основе Ваненко добавили типичный русский суффикс -ов. Так образовалась привычная нам фамилия Ваненков, которую можно понимать как «потомок того, кто был Ваненко».

Процесс этот был длительным, и сейчас точно определить, когда и где именно произошло такое преобразование, сложно. Однако сама фамилия Ваненков — наглядный пример того, как в одной фамилии могли соединиться элементы разных славянских традиций имяобразования.