Фамилия Ваганенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ваганенков послужило церковное имя Ваган. По одной из версий, фамилия Ваганенков образована от прозвища, в основе которого лежит диалектное слово «ваган» - «мужик, крестьянин». Однако согласно другой, более правдоподобной гипотезе, эта фамилия происходит от армянского мужского имени Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Скорее всего, фамилия Ваганенков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Ваганенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваган, со временем получил фамилию Ваганенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Ваганенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ваганенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.