Фамилия Ваганенковы — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием кроется нерусский корень и сложная миграционная история. Её основа — мужское имя Ваган. Тут и начинается главный спор: одни выводят прозвище из диалектного «ваган» (мужик, крестьянин), но убедительнее выглядит версия о происхождении от армянского имени Ваган со значениями «щит» или «вездесущий».

Ключ к разгадке — суффикс -енко. Он указывает, что фамилия сформировалась не в великорусских землях, а на территории современных Украины или Белоруссии. Первоначальная форма была Ваганенко: так называли сына, потомка или человека, связанного с Ваганом. Позже, когда род переселился в Россию, фамилию адаптировали к местной модели: к малороссийской основе прирос типичный русский суффикс -ов. Так Ваганенко стал Ваганенковым.

Такая «двойная» суффиксация — редкая деталь, которая выдает переселенческое прошлое: фамилия успела пройти украинский этап словообразования, прежде чем получить русское оформление. О точном времени и месте этого перехода данных нет, но сам механизм — надёжный маркер того, что корни семьи лежат в западнорусских или южнорусских землях.