Фамилия Ваганенкова — это женская форма от фамилии Ваганенков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит прозвище или имя Ваган, которое в русской ономастике имеет два правдоподобных объяснения. Первое: «ваган» в северных говорах (поморских, архангельских) означало «валежник, бурелом, сухой хворост». Прозвище могли дать человеку, жившему в лесистой местности, либо занимавшемуся заготовкой дров. Второе, более вероятное: Ваган — это краткая форма от крестильного имени Ваган, которое встречается в святцах (греческого происхождения, от слова «ваганос» — «приносящий»). В народе такие имена часто сокращали, и Ваган могло стать самостоятельным прозвищем-именем.

Суффикс -енков в фамилии указывает на принадлежность к определённой модели. В центральной России и Поволжье фамилии на -енков (вместо более древнего -енко) были характерны для крестьянских семей, которые переселялись с юга на север. Ваганенков буквально означает «сын Вагана» или «потомок Вагана», где -енков — это патронимический суффикс, типичный для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ.

Географически фамилия Ваганенков (и её женская форма) встречается преимущественно в областях, где исторически жили переселенцы с Украины и юга России: в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Сибири, куда крестьяне переселялись в XIX веке. Встречается она и в центральных регионах, но реже. Интересно, что однокоренные фамилии — Ваганов, Ваганьков — образованы от той же основы, но с разными суффиксами: -ов указывает на более древнюю модель, а -енков — на более позднюю, «украинскую» по происхождению.

Сословно носители фамилии Ваганенковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (особенно в южных губерниях). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сама фамилия не редкая, но и не массовая — она сохраняет связь с конкретным прозвищем или именем, которое в быту почти исчезло.