Основой фамилии Ваганенков послужило церковное имя Ваган. По одной из версий, фамилия Ваганенков образована от прозвища, в основе которого лежит диалектное слово «ваган» - «мужик, крестьянин». Однако согласно другой, более правдоподобной гипотезе, эта фамилия происходит от армянского мужского имени Ваган, которое имеет два значения: «щит» и «вездесущий». Со временем, вероятно, род Ваганенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваган, со временем получил фамилию Ваганенков.