Фамилия Ваненков — яркий пример того, как простое имя, пройдя через народную переработку, превратилось в устойчивую фамилию. В её основе лежит одна из уменьшительных форм крестильного имени Иоанн, которое в русском языке известно как Иван. Имя это древнееврейского происхождения, и означает оно «милость Божья» или «Бог милует». Среди небесных покровителей этого имени — Иоанн Креститель, предсказавший пришествие Мессии, и апостол Иоанн Богослов, автор одного из Евангелий.

Уменьшительная форма «Ваня» дала начало прозвищу или неофициальному имени Ваненко. Суффикс -енко в данном случае — характерная черта украинской или южнорусской ономастики, указывающая на происхождение носителя. Первоначально Ваненко мог означать «маленький Ваня» или «сын Вани». Судьба фамилии сложилась так, что, вероятно, род Ваненко переселился в великорусские земли, где и произошла русификация фамилии: к основе добавился типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Ваненков). Так фамилия приобрела современное звучание, сохранив память о своей южной основе.

Таким образом, Ваненков — это не просто «сын Ивана», а «сын того, кого звали Ваненко», что делает её более редкой и интересной в ряду многочисленных фамилий, образованных от имени Иван.