Мужское крестильное имя Иоанн (русская форма - Иван) в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В основу же фамилии Ваненков легла одна из его уменьшительных форм - Ваня. Среди святых покровителей имени - Иоанн Креститель (Предтеча), один из самых почитаемых святых, предсказавший пришествие мессии, и апостол Иоанн Богослов, автор Евангелия и Книги Откровения. Со временем, вероятно, род Ваненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.