Фамилия Ваконюк — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, смотрим на суффикс. Окончание -юк характерно для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на Волыни, в Полесье и в Гродненской области. Суффикс -юк (как и -чук, -ак) указывает на «сына» или «потомка» человека. То есть Ваконюк — это «сын Вакона».

Самое сложное — основа «Вакон». В русских и украинских говорах слово «вакон» не встречается. Здесь возможны две версии. Первая: это искажённая или диалектная форма имени Вакх (в честь античного бога виноделия). Имя Вакх было известно на Руси через церковный календарь, хоть и не было частым. Тогда Вакон — народная, упрощённая форма этого имени, а Ваконюк — отчество от него. Вторая версия: основа связана с корнем «вак-» в значении «болтать, пустословить» (сравните с диалектным «вакать» — говорить невнятно или мяукать). В таком случае Вакон — прозвище болтливого или странного в речи человека, а фамилия пошла от этого прозвища.

Вторая версия правдоподобнее: прозвища на -он в украинской и белорусской традиции встречаются чаще, чем редкие церковные имена в такой огласовке. Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами — фамилии на -юк в массе своей простонародные, без дворянских корней. Географически искать Ваконюков стоит в западных областях Украины (Ровенская, Волынская) и на юге Беларуси (Брестская область). Фамилия очень редкая, поэтому её носители, скорее всего, связаны общим предком из небольшого села или хутора.