Фамилия Ваксманн — немецкая по происхождению, и её значение прозрачно: она составлена из слов Wachs («воск») и Mann («человек»). Проще говоря, Ваксманн — это «восковой человек» или «человек, имеющий дело с воском». Такие составные фамилии на -mann (буквально «человек, мастер») типичны для немецкой ономастики: они указывали на профессию, ремесло или характерный признак человека. В данном случае основа Wachs прямо ведёт к занятию предка. От этого же корня в русском языке появилось слово «вакса» — так называли крем для чистки обуви, который первоначально делали на восковой основе.

Самый прямой путь к происхождению фамилии — ремесло. Предок-носитель фамилии Ваксманн мог заниматься производством или продажей воска. Воск в средневековой Европе был ценным товаром: из него делали свечи для церквей и домов, использовали для пропитки тканей и в медицине. Поэтому воскоторговцы и свечники были заметными фигурами в городской экономике, и фамилия могла закрепиться за ними как профессиональное прозвище.

Впрочем, есть и другая версия, менее очевидная, но возможная. Немецкое wachs может относиться не только к материалу, но и к цвету — восковому, бледно-жёлтому. В таком случае прозвище Ваксманн могли дать человеку с очень бледной или желтоватой кожей, похожей на воск. Такие прозвища по внешности в немецкой традиции тоже встречаются, хотя профессиональное объяснение остаётся основным и более правдоподобным.

Самым известным носителем фамилии стал Зельман Абрахам Ваксманн (1888–1973), американский микробиолог, родившийся в Российской империи (на территории современной Украины). Он получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине в 1952 году за открытие стрептомицина — первого антибиотика, способного лечить туберкулёз. Интересно, что именно Ваксманн ввёл в науку сам термин «антибиотик». Его происхождение напоминает, что немецкая по корням фамилия может встречаться у людей самого разного этнического и географического происхождения — в данном случае у еврейской семьи из черты оседлости.

Фамилия Ваксманн встречается в двух основных вариантах написания: с одной -н (Ваксман) и с двойной -нн (Ваксманн). Двойное -нн чаще указывает на немецкое написание, где удвоение согласных — орфографическая норма. В русском языке фамилия обычно адаптируется как Ваксман, но исходная форма с двумя «н» тоже сохраняется в документах и семейных историях.