Фамилия Ваксман — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу родового имени, почти полностью совпало с фамилией. Она не переоформлялась русскими суффиксами -ов или -ин, а сохранилась в исходной немецкой форме. Основа здесь составная: немецкое «Wachs» (воск) и «Mann» (человек). То есть Ваксман — буквально «восковой человек» или «человек, имеющий дело с воском».

Чаще всего такую фамилию давали ремесленникам, работавшим с воском: свечникам, изготовителям мазей или торговцам воском. От этого же корня в русском языке появилось слово «вакса» — крем для обуви и кожаных изделий, который изначально делали на восковой основе. Поэтому предок Ваксман вполне мог заниматься производством или продажей воска и восковых смесей.

Вторая версия, менее распространённая, но встречающаяся в ономастике, связывает прозвище с внешностью. Ваксман — человек с бледно-жёлтым, восковым оттенком кожи. Такие прозвища давали по цвету лица, нередко без негативного оттенка, просто как заметную примету.

Фамилия бытует в основном у евреев-ашкеназов, которые в XVIII–XIX веках на территории Российской империи нередко получали немецкие или германизированные фамилии при переписях. Встречается она и у немцев, но у еврейских носителей — чаще. Среди самых известных однофамильцев — Зельман Абрахам Ваксман (1888–1973), американский микробиолог украинского происхождения. Он получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине в 1952 году за открытие стрептомицина — первого антибиотика, который начал эффективно лечить туберкулёз. Эта фамилия, таким образом, связана не только с воском и сапожным ремеслом, но и с прорывом в мировой медицине.