Фамилия Ваксин образована от прозвища Вакса, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «состав из сажи, для чернения и лощения кожи, обуви». Так, предок обладателя фамилии Ваксин мог заниматься изготовлением или чисткой обуви. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вакса, со временем получил фамилию Ваксин.