Фамилия Ваксин — из распространённой группы русских фамилий, образованных по модели «прозвище + суффикс -ин». Этот суффикс указывает на принадлежность: Ваксин буквально означает «сын Ваксы» или «человек из рода Ваксы». В основе лежит прозвище Вакса — от нарицательного «вакса», то есть состава из сажи для чернения и лощения кожи, прежде всего обуви.

Значит, предок носителя фамилии Ваксин мог быть сапожником или башмачником, который сам готовил ваксу и чернил обувь. Не исключён и другой вариант: прозвище мог получить человек, который профессионально занимался чисткой сапог — в городах этим ремеслом владели многие. Вакса была ходовым товаром, и того, кто постоянно возился с чёрной мазью, окружающие легко могли окрестить Ваксой.

Суффикс -ин в данном случае типичен для фамилий, образованных от слов женского рода на -а. Но прозвище Вакса могло принадлежать и мужчине — в старой русской традиции прозвища такого типа не имели жёсткой родовой привязки. Ваксин — фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и встречается в основном в центральных и северных регионах России.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ваксов, Ваксман (последняя — типично еврейская или немецкая, от немецкого Wachs — «воск»). Русская Ваксин стоит особняком: её корень не воск, а именно вакса, что сразу выдаёт ремесленную, а не торговую профессию предка.