Фамилия Ваксина — женская форма фамилии Ваксин. Её основа — прозвище Вакса, которое давали человеку, имевшему дело с ваксой. Ваксой в старину называли смесь сажи с маслом или воском — состав для чернения и наведения глянца на кожаную обувь. Само слово пришло в русский язык из немецкого (Wichse) или польского (waks) и прочно закрепилось в быту сапожников и чистильщиков обуви.

Предок, получивший прозвище Вакса, скорее всего, и был сапожником или башмачником — изготовлял обувь или чистил её, натирая ваксой до блеска. Вакса была товаром ходовым, и человека, постоянно с ней работавшего, легко могли окрестить по этому признаку. Модель образования фамилии — типичная русская: к прозвищу Вакса добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Ваксин сын», «Ваксина дочь»). Так за потомком закрепилась фамилия Ваксин, а её женский вариант Ваксина появился, когда речь шла о женщине, носящей эту фамилию по отцу или мужу.

Фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных областях России. Её можно спутать с омонимичной фамилией, образованной от женского имени Вакса — уменьшительной формы редких крестильных имён (например, Вакх), но прозвищная версия, связанная с ремеслом, выглядит убедительнее и бытовее.