Фамилия Ваксов — редкий пример, где основа не славянская, а словообразовательная модель — типично русская. Корень здесь, скорее всего, не от русского «вакса» (сапожная мазь), а от немецкого Wacke или голландского Waks — «валун», «глыба», «камень». В немецких землях существовала фамилия Wackes или Waks, которую при переселении в Россию адаптировали на русский лад: добавили суффикс принадлежности -ов.

Суффикс -ов указывает на патроним: «чей?» — Ваксов, то есть «сын Вакса» или «человек из рода Вакса». В отличие от фамилий на -ский или -ин, эта модель в XVIII–XIX веках активно присваивалась выходцам из Западной Европы, поступавшим на русскую службу. Носитель фамилии мог быть обрусевшим немцем, голландцем или прибалтом, работавшим горным мастером, камнетёсом или строителем — профессиями, где пригождалось слово «валун». Вакс в таком случае — не имя, а прозвище по физической черте (крепкий, как камень) или по занятию.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с еврейскими корнями. В идише «вакс» означает «воск», и фамилия могла возникнуть как профессиональное прозвище торговца воском или свечника. Однако суффикс -ов для еврейских фамилий в Российской империи нехарактерен: они чаще оканчивались на -ер, -ман или -зон. Поэтому версия с немецким «валуном» выглядит правдоподобнее.

Географически Ваксовы встречаются в основном на северо-западе России — в Петербургской, Псковской губерниях и в Прибалтике, где исторически селились немецкие ремесленники. В метрических книгах XIX века попадаются записи о Ваксовых среди мещан и цеховых мастеров. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия городского сословия, людей практических профессий.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет: Ваксман, Ваксер — это уже другие модели. А вот Ваксов стоит особняком: он сохранил память о том, что предок когда-то принёс с собой не только ремесло, но и прозвище, которое на новом языке переделали в фамилию.