Фамилия Вакщин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа — «вакщ-» — не встречается в современных русских нарицательных словах, поэтому ключ к происхождению лежит в диалектах или иноязычных заимствованиях. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «вакшить» или «ваксать», то есть «мазать, пачкать, чернить». В русских говорах «вакса» — это чёрная мазь для обуви, а «вакщик» — человек, который занимался чисткой сапог или изготовлением ваксы. Соответственно, Вакщин — это «сын вакщика», потомок того, кто работал с ваксой: сапожника, чистильщика обуви или продавца этого товара. Суффикс «-ин» здесь стандартный для русских фамилий, образованных от названий профессий или прозвищ на -а, -я (ср. Плотников от плотник, но Сапожников от сапожник, а Вакщин — от вакщик).

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с личным именем или прозвищем Вакша. В некоторых регионах «вакша» могли называть непоседливого, бойкого человека (от диалектного «вакшаться» — возиться, суетиться). Однако профессиональная этимология выглядит убедительнее, так как фамилии на -щин/-чик обычно указывают на конкретное занятие.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям России, где был распространён промысел чистки обуви и где фиксировались говоры с лексемой «вакса». В дореволюционных справочниках Вакщины встречаются среди мещан и крестьян — то есть фамилия недворянская, бытовая, возникшая в среде ремесленников и городских низов. Сравните с однокоренными фамилиями Ваксин, Ваксов — они образованы от той же основы, но через другие суффиксы, что подтверждает единый корень «вакс-» со значением «чернить, мазать».

В написании фамилии стоит обратить внимание на редкое сочетание «кщ» — оно может быть результатом фонетического упрощения от «вакщик» (где «кщ» передаёт звук [к’щ’]). В старых записях возможны варианты Вакщинъ или даже Вакчин (с утратой одного согласного), но современная орфография закрепила именно этот, более точный вариант.