Фамилия Валишев в первую очередь ассоциируется с известным дворянским родом, чьи корни уходят на рубеж XVI–XVII веков. В архивных документах сохранились сведения, что Валишевы владели поместьями в Новгородской области, а их родовой герб отличался необычной для русского дворянства символикой — на нём были изображены полумесяц и шестиконечные звёзды, что прямо указывает на мусульманские корни рода.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ев присоединён к основе Валиш. Это типичный патроним, отвечающий на вопрос «чей?», то есть «сын Валиша». Само имя Валиш представляет собой диалектный вариант арабского имени Валишах. Оно составное: первая часть — Вали (араб. «владелец, хозяин, господин; защитник», а также «святой, близкий друг Аллаха»), вторая — Шах (персид. «шах, повелитель», которое в составе имён приобрело значение «самый лучший, самый главный»). Таким образом, имя Валишах переводится как «самый близкий друг Аллаха», и родители, давая его сыну, желали ему стать достойным мусульманином.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, подтверждают, что фамилии на -ев, образованные от арабских и тюркских имён, — обычное явление для татарских и башкирских родов, в разное время перешедших на русскую службу. В случае с Валишевыми это особенно интересно: дворянский герб с полумесяцем и звёздами говорит о том, что род сохранял память о своём происхождении даже после получения поместий и интеграции в русское дворянство.

Существует и менее вероятная гипотеза, связывающая фамилию с топонимом. Поселения с названием Валишев встречаются на территории Польши, что позволяет предположить, что основатель рода мог быть уроженцем одного из этих мест. Однако эта версия слабее: во-первых, польские топонимы такого типа сами, скорее всего, восходят к тому же личному имени Валиш, а во-вторых, герб с мусульманской символикой и новгородские поместья уверенно привязывают род к восточной, а не западной традиции.