Фамилия Валишев происходит от имени Валиш — диалектной формы арабского имени Валишах. Оно двухсоставное: первая часть, Вали, означает «владелец, хозяин, господин, защитник», а также «святой, близкий друг Аллаха». Вторая часть, Шах, восходит к персидскому титулу «шах, хан, повелитель», который в составе мужских имен приобрёл значение «самый лучший, самый главный». В итоге имя Валишах переводится как «самый близкий друг Аллаха», и, нарекая так сына, родители желали ему стать достойным мусульманином. Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или шипящий.

Корни этой фамилии уходят в XV–XVII века, и она относится к древнейшему пласту русских фамилий восточного происхождения. Валишевы — известный дворянский род рубежа XVI–XVII столетий. В архивных документах сохранились сведения, что они владели поместьями в Новгородской области. Примечательная деталь: у рода был собственный герб с мусульманскими символами — полумесяцем и шестиконечными звёздами, что прямо указывает на тюркские или ордынские корни основателя фамилии. Такие гербы редкость: обычно дворяне, переходя в православие, быстро заменяли восточную символику на христианскую, но Валишевы, видимо, сохраняли память о происхождении.

Существует и менее вероятная гипотеза: фамилия могла образоваться от топонима Валишев — несколько поселений с таким названием есть на территории Польши. В этом случае основатель рода был бы выходцем оттуда. Однако против этой версии говорит устойчивая восточная основа имени и герб с полумесяцем. Скорее всего, Валишевы — потомки выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев, которые поступили на русскую службу и получили поместья. В XV–XVII веках это был обычный путь для нерусских дворян, и фамилия Валишев — один из памятников такого культурного и исторического смешения.